ศูนย์พัฒนาและบริการนวัตกรรมดิจิทัลสมัยใหม่ ดำเนินงานตามแนวทางของ “ศูนย์ความเป็นเลิศ (Center of Excellence :CoE)” ของมหาวิทยาลัย ซึ่งกำหนดทิศทางและเป้าหมายเชิงกลยุทธ์เป็น “ศูนย์ความเป็นเลิศทางนวัตกรรมดิจิทัล” ซึ่งจัดตั้งขึ้นตามนโยบายของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี โดยยึดตามระเบียบของศูนย์ปฏิบัติการที่เป็นไปตามระเบียบมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี ว่าด้วยการบริหารเงินรายได้ของศูนย์ปฏิบัติการ พ.ศ. 2558 เพื่อให้บริการทางวิชาการ วิจัย การฝึกปฏิบัติของนักศึกษา คณาจารย์ บุคลากรภายในมหาวิทยาลัย ตลอดจนกำลังคนในอุตสาหกรรมต่าง ๆ ภายนอกมหาวิทยาลัย รวมทั้งประชาชนทั่วไปอีกด้วย ทั้งนี้ เพื่อยกระดับการบริหารจัดการองค์กรและการให้บริการที่เป็นเลิศ เป็นกลไกสำคัญช่วยขับเคลื่อนสู่มหาวิทยาลัยนวัตกรรม และเป็นการเตรียมความพร้อมสู่การเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับในอนาคต